Variabilitas Genetik Antar Populasi Porang (Amorphophallus Muelleri Blume) Di Jawa Tengah Dan Jawa Barat Berdasarkan Sekuen Intron TrnL
Variabilitas Genetik antar Populasi Porang (Amorphophallus muelleri Blume) di Jawa Tengah dan Jawa Barat Berdasarkan Sekuen Intron trnL
Hallo, berjumpa kembali, sesi kali ini akan membawakan mengenai need porang Variabilitas Genetik antar Populasi Porang (Amorphophallus muelleri Blume) di Jawa Tengah dan Jawa Barat Berdasarkan Sekuen Intron trnL simak selengkapnya lebih dalam tentang Variabilitas Genetik antar Populasi Porang (Amorphophallus muelleri Blume) di Jawa Tengah dan Jawa Barat Berdasarkan Sekuen Intron trnL.
Wahyudi, Didik (1900) Variabilitas Genetik antar Populasi Porang (Amorphophallus muelleri Blume) di Jawa Tengah dan Jawa Barat Berdasarkan Sekuen Intron trnL. Magister thesis, Universitas Brawijaya.
Indonesian Abstract
Porang merupakan tanaman herba yang masuk dalam famili Araceae . Umbi porang bermanfaat dalam bidang kesehatan, industri dan pangan. Porang terdistribusi mulai dari pulau Andaman lalu ke timur melalui Burma (Myanmar) kemudian ke utara menuju Thailand dan ke tenggara menuju Indonesia dan Timor. Di Indonesia distribusi Porang terbatas pada daerah-daerah tertentu yaitu Sumatra, Madura, Bali, Nusa Tenggara Barat (NTB) dan paling banyak ditemukan di pulau Jawa. Pola distribusi porang termasuk mengelompok dan menunjukkan bahwa spesies ini di beberapa daerah aktif mengalami spesiasi (membentuk spesies baru). Hal ini didukung oleh fakta bahwa spesies tertentu sangat besar nilai similaritas kekerabatannya dengan spesies yang ditemukan di daerah sekitarnya. Fakta ini juga didukung oleh beberapa penelitian yang menunjukkan adanya kekerabatan antar populasi porang di Jawa. Selain itu, porang di Jawa juga mempunyai keragaman genetik antar populasi dan antar individu. Untuk memperkuat informasi adanya variasi genetik dan kekerabatan porang tersebut diperlukan integrasi analisis menggunakan penanda molekuler dan morfologi. Penanda morfologi banyak digunakan untuk mengetahui variabilitas genetik berdasarkan ciri morfologi dan anatomi tanaman, yang meliputi : tinggi batang, lingkar batang, bentuk daun, warna daun dan lain-lain. Analisis menggunakan penanda molekuler yang dapat digunakan adalah menggunakan sekuen DNA, baik DNA kloroplas, mitokondria maupun nuklear. Dari ketiga genom DNA tersebut, genom kloroplas merupakan genom DNA yang banyak digunakan sebagai penanda molekuler untuk mengetahui variasi genetik, karena diturunkan secara maternal, ukuran genom kecil dan tidak mengalami rekombinasi. Intron trn L merupakan intron dari genom kloroplas yang diketahui berevolusi lebih cepat jika dibandingkan dengan exon. Karena hal inilah intron trnL sangat tepat digunakan untuk kajian variasi genetik. Kajian variasi genetik ini penting dilakukan, mengingat kebutuhan porang semakin meningkat yang akan mendorong upaya budidaya besar-besaran yang memungkinkan terjadi penyediaan/pemasokan bibit dari daerah (populasi) lain yang akan mengancam varian lokal porang di suatu titik area di Jawa khususnya Jawa Tengah dan Jawa Barat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variabilitas genetik dan hubungan kekerabatan antara populasi porang di Jawa Tengah dan Jawa Barat berdasarkan sekuen intron trn L. Sampel dalam penelitian ini terdiri dari porang yang diperoleh dari Jawa Tengah (Pamedaran, Grobogan, Wonogiri, Karang tengah) dan Jawa Barat (Cisompet) sebagai ingroup , A.variabilis (Wonogiri dan Brebes) sebagai outgroup , selain itu sebagai pembanding analisis molekuler menggunakan A. ochroleucus , A. longituberosus dan A. sumawongii yang diperoleh dari genbank . Sampel porang dalam bentuk umbi (Pamedaran Grobogan Wonogiri, Karangtengah dan Cisompet II) dan bulbil (Cisompet I) ditanam dalam media kompos. Setelah umbi dan bulbil tumbuh tiap populasi diambil 3 sampel yang selanjutnya dianalisis secara morfologi dan molekuler. Pengamatan morfologi yang meliputi pengamatan umbi, tangkai daun dan daun dilakukan setelah organ-organ tanaman porang tumbuh secara sempurna. Sedangkan sampel daun muda untuk analisis molekuler diperoleh ketika tanaman porang berada pada awal fase vegetatif. Isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan GenElute tm Plant Genomic DNA Miniprep Kit. Kemudian hasil isolasi DNA diuji secara kualitatif dengan elektroforesis pada gel agarose dan secara kuantitatif dengan menggunakan spektrofotometer. Hasil isolasi DNA yang baik ditandai munculnya band pada hasil elektroforesis pada gel agarose. Hasil isolasi inilah yang selanjutnya diamplifikasi. Amplifikasi intron trn L dilakukan dengan menggunakan primer universal “c” (CGAAATCGGTAGACGCTACG) dan “d” (GGGGATAGAGGGACTTGAAC). Hasil amplifikasi kemudian dipurifikasi dan untuk mengetahui urutan sekuen intron trn L dilakukan pengurutan basa nukleotida di Macrogen Korea. Setelah itu dilakukan analisis terhadap sekuen intron trn L yang meliputi, variasi genetik (variasi singletone, indel (insersi delesi) dan variasi haplotipe) dan kekerabatan antar populasi porang. Sekuen intron trn L dianalisis dengan menggunakan program haplotype network untuk mengetahui jumlah dan keragaman haplotipe. Sedangkan untuk mengetahui kekerabatan porang dilakukan dengan progam MEGA 5 . Sebelum dilakukan kedua analisis di atas sekuen intron trn L terlebih dahulu dianalisis dengan beberapa program diantaranya: sequence scanner untuk membaca hasil sekuen, Blast untuk mencocokkan gen target dengan Genbank , MEGA 5 untuk membuat multiple alignment antara sekuen intron tnr L, bioedit 7.0.9.0 untuk mengetahui perubahan basa nukleotida yang terjadi, dnasp5 untuk mengetahui variabilitas genetik. Hasil pengamatan morfologi menunjukkan bahwa warna braktea porang bervariasi mulai dari merah muda, hijau muda sampai hijau tua dan hijau kehitaman. Warna umbi porang bervariasi mulai dari kuning, kuning kecoklatan, kuning orange dan kuning kemerahan. Warna daun porang bervariasi mulai dari hijau muda sampai hijau tua sedangkan warna tangkai daun bervariasi dari hijau muda sampai hijau kehitaman dengan bercak putih. Rasio diameter tajuk dan tinggi total tanaman paling tinggi ada
English Abstract
Porang is a herbaceous plant which is belong to the family Araceae . Porang tubers useful in the healthcare, food and industries. Porang distributed from the Andaman islands to the east through Burma (Myanmar) and then to the north to Thailand and to the southeast toward Indonesia and Timor. In Indonesia distribution of porang limited to certain areas of Sumatra, Madura, Bali, NTB and most commonly found on the Java. Porang including clumped distribution pattern and suggests that this species in some areas undergoing active speciating. This is supported by the fact that certain species have large similarity of kinship with those found in the surrounding area. This fact is also supported by several studies showing the relatedness between porang populations in Java. In addition, porang in Java also has genetic diversity between populations and between individuals. To strengthen information of genetic variation and porang realationship is necessary to integrate analysis using molecular markers and morphology. Morphological markers widely used to determine the genetic variability based on morphological and anatomical characteristics of plants, which include: plant height, stem girth, leaf shape, leaf color and others. Analysis using molecular markers that can be used is DNA sequences, either DNA chloroplasts, mitochondria and nuclear. from three genomic DNA above, the chloroplast genome is a DNA genome that widely used as molecular markers to determine the genetic variation, due to lowered maternal, small genome size and do not undergo recombination. Trn L intron is intron of the chloroplast genome which known evolve faster than the exons. Because this trn L intron is precise used to study genetic variation. The study of genetic variation is important, because of increasing need of porang that will encourage large-scale cultivation effort to trigger the supply of seed from the region (population) that would threaten other local variants porang in Java, especially Central Java and west Java. This study aims to determine the genetic variability and phylogenetic relationship between porang population in Central Java and West Java based on trn L intron sequences. The sample in this study consisted of porang obtained from Central Java (Pamedaran, Grobogan, Wonogiri, Karang tengah) and West Java (Cisompet) as ingroup, A.variabilis (Wonogiri and Brebes) as an outgroup, in addition to compare molecular analysis using A.ochroleucus , A. longituberosus and A. sumawongii obtained from GenBank. Porang samples in the form of tubers (Pamedaran, Grobogan, Wonogiri, Karangtengah and Cisompet II) and bulbil (Cisompet I) were grown in compost media. After tubil and bulbil grow, 3 samples of each population were taken to be further analyzed morphologically and molecularly. Morphological observations include observations of tuber, petiole and leaf after porang plant organs grow perfectly. While the young leaf for molecular analysis were obtained when plants porang early in the vegetative phase. DNA isolation performed using GenElute tm Plant Genomic DNA Miniprep Kit. Then the isolated DNA was tested qualitatively by electrophoresis and quantitatively using spectrophotometer. Good DNA isolation results marked the emergence of bands on agarose gel electrophoresis results. Isolation results was then amplified. Amplification of trnL intron performed using universal primers "c" (CGAAATCGGTAGACGCTACG) and "d" (GGGGATAGAGGGACTT GAAC). Then purified amplification product is sequenced at Macrogen Korea. Analysis of the trn L intron sequences covering, genetic variation (variation singletone, indel (insertion deletion) and haplotype variation) and the relationship between porang populations. Sequences of trn L intron were analyzed using haplotype network to determine the number and diversity of haplotypes. While to know realationship of porang performed with MEGA 5 program. Before that, trn L intron sequences were analyzed with several programs such as: sequence scanner to read the results of sequence, Blast to match the target gene with Genbank, MEGA 5 to create a multiple sequence alignment between intron trnL , bioedit 7.0.9.0 to determine changes nucleotide bases occur, dnasp5 to determine the genetic variability. Morphological observations indicate that color of braktea varies from pink, light green to dark green and blackish green. Color of tuber varies from yellow, brownish-yellow, yellow orange and reddish yellow. Color of leaf varies from light green to dark green while the color of petiole varies from light green to green-black with white spots. The highest ratio of Diameter and crown is population from Wonogiri i.e 1.6 cm, while the lowest is Cisompet i.e 1. The highest tuber weight is population of Brebes Pamedaran i.e 500 g and the lowest is from Cisompet I i.e 20 g. The highest thick of tuber is sample from Grobogan Karangtengah i.e 7 cm. Analysis using Haplotype network to the sample of ingroup and outgroup has shown that trnL intron have 13 sites singletone variation, i.e the sequence of: 49, 109, 144, 145, 159, 253, 297, 298, 300, 302, 379, 461, 463. In addition, the trn L intron in this study had 9 parsimony informative sites, i.e: 160, 184, 299, 409, 452, 454, 513, 527, 534. Number of haplotypes mostly c
Other Language Abstract
UNSPECIFIED
Full text not available from this repository.
Actions (login required)
| View Item |
Begitulah penjelasan perihal Variabilitas Genetik antar Populasi Porang (Amorphophallus muelleri Blume) di Jawa Tengah dan Jawa Barat Berdasarkan Sekuen Intron trnL semoga info ini bermanfaat terima kasih
untuk pemesanan mesin pemotongpencuci|pengolah} buah porang bisa menghubungi kami.
Artikel ini diposting pada tag
http://repository.ub.ac.id/157822/
No comments